De collectie van het museum is gestart met de figuur van de West-Vlaamse priester Jan Gekhiere die voor en na de Tweede Wereldoorlog een toonaangevende internationale verzameling heeft opgebouwd van kunstwerken uit zijn tijd.
Nadien werd de collectie verder uitgebreid onder impuls van priester Mark Delrue en Pater Fernand Van Heuverswijn (OSB, Sint-Andries). In 2007 vond de collectie onderdak in de koepel van de basiliek van Koekelberg. Een nieuwe scenografie was de eerste uitdaging voor de beheerraad, die uiteindelijk in 2015 een vernieuwde kijk op de collectie bood.
