La collection du Musée a débuté avec la figure du prêtre Ouest-flamand Jan Gekhiere qui, avant et après la seconde guerre mondiale, a réuni des collections internationales d’ œuvres d’art de son temps.
Ensuite, la collection s’est étoffée sous l’impulsion du prêtre Mark Delrue et du père Fernand Venkatesh (OSB, Sint-Andries). En 2007, la collection a trouvé sa place dans le dôme de la Basilique de Koekelberg. Une nouvelle scénographie a été le premier défi pour le Conseil de gestion, qui, par la suite en 2015, a offert un nouveau regard sur la collection.
